2018年初，海关总署发布19号公告，将“以企业为单元的加工贸易新监管模式”从9个关区扩大到26个关区，并明确指出各试点海关统一适用全国统一版的信息化系统开展试点。随后海关又发布23号公告，从2018年7月1日起启用“核注清单”，即金关二期保税底账核注的专用单证。海关总署发布署企发[2019]4号文件，2019年1月15日全面启动金关二期，“金关二期新账册”及“核注清单”的应用，标志着金关二期系统正式启动。
保税核注清单是金关二期保税底账核注的专用单证，属于办理加工贸易及保税监管业务的相关单证。在办理货物进出境、进出海关特殊监管区域、保税监管场所，以及开展海关特殊监管区域、保税监管场所、加工贸易企业间保税货物流（结）转业务的，相关企业应向海关报送保税核注清单数据信息，再根据实际业务需要办理报关手续。
核注清单的作用：
保税核注清单是金关二期保税底账核注的专用单证，属于办理加工贸易及保税监管业务的相关单证。简单说所有进出口通关业务类型都要用到核注清单；但不是所有核注清单都要转成报关单.
核注清单与报关单的区别与联系：
主要区别在商品上：前者是反应企业生产实际的料号级商品；后者是用于通关、料料号级数据经过归并汇总的项号级商品，两级数据需要保持一致。
其他方面的区别：
（1）用途不同：金关二期核注清单用于保税账册底账核扣；报关单用于办理相关税费及贸易统计；
（2） 申报要求不同：
金关二期核注清单的申报要求为：
①不申报完整的申报要素；
②不申报运输工具信息；
③不上传随附单据。
金关二期报关单的申报要求为；
①需申报完整的申报要素；
②需申报运输工具信息；
③需上传随附单据，如装箱单、发票。
（3）表体商品项数不同：核注清单<1000项；报关单<50项.
核注清单和报关单的数量关系是一对一（需要报关）或一对零（不需要报关）。清单必须有保税底账与之对应，底账可以为账册、手册等。
核注清单申报注意事项：
1.保税货物流转业务的，流转双方企业分别向海关发送保税核注清单数据，由系统自动对保税核注清单数据进行比对、核扣；
2.申报保税核注清单后需办理报关手续的，保税核注清单作为报关单的随附单证，与报关单一一对应；
3.系统提供归并辅助功能，企业可进行修改。需要报关的货物，保税核注清单中必须填写报关单序号，以便报关单系统做逻辑检查；
4.保税核注清单的逻辑检查、填制要求基本与现行报关单、进出境备案清单要求相同。
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